Las diferencias entre las variantes F-35A y C, una de las más notables, son las superficies de control del borde de salida de la ala horizontal principal.

La variante A tiene un solo “flaperón” que abarca el 90% del borde de salida de cada ala. Además de controlar el rollo o banco de la aeronave, como lo hacen los alerones convencionales, ambos flaperones pueden bajarse juntos para reducir la velocidad de pérdida, de manera similar a un conjunto de flaps. Esto se hace a menudo como parte de una estrategia de minimización de peso.

La variante C, además de tener flaperones, cuenta con un conjunto de alerones que se extienden hasta la punta del borde de salida. Las superficies más grandes permiten un control más preciso a velocidades más lentas, como durante el acercamiento a un portaaviones.

El F-35 tiene un sistema llamado Control de Elevación Directa Integrado (IDLC) que traduce los comandos del stick del piloto en cambios coreografiados en la potencia del motor y el movimiento de las superficies de control. Es la ola del futuro, ya que facilita la pilotaje de la aeronave durante regímenes de vuelo que tradicionalmente tienen una alta carga de trabajo para el piloto.